1.本碩士班提供研究型及實用型兩種修業規劃之選擇，畢業學分分別為30學分及36學分。採實用型修業規劃者得以技術報告代替碩士論文。
2.碩士班學生需於入學後第一學期結束前提出修業規劃方向申請，且於第二學期註冊前選定獨立研究之指導教師並取得其同意。在學期間如欲變更規劃，以一次為限，並需於各學期開學一週內提出申請。
3.碩士班學生在學期間，每學期皆需選修獨立研究，唯畢業時最多採計3次6學分，多修學分不列入畢業和選修學分，惟成績照算並計入GPA。
4.「專題討論」畢業時最多採計3次6學分，多修學分不列入畢業和選修學分。
5.採實用型修業規劃者，必需選修院整合型課程4門，且至少需有3門取得及格成績。院整合型課程為「生態學專題」、「地球科學專題」、「環境治理專題」、「環境教育專題」。102學年以前入學學生，擬採實用型修業規劃者，原修課程在經指導教授及系主任同意，並送本系課程委員會審議後，得以抵免性質相近的院整合型課程，並計入畢業學分。
6.碩士研究生每學期修課學分數不得超過15學分(不含獨立研究)。
7.經由系主任及指導教授同意修習本校或外校其他相關研究所開設之科目，得計入本所的專業選修科目畢業學分。
8.100(含)學年以前入學學生得以專題討論抵認原課程之專題討論一至四(各一學分)， 畢業時合計需修過四次專題討論（取得及格），實修學分與抵認課程學分間之差數，可採計為選修與畢業學分。尚未完成引導研究一、二和論文研究一、二學生，可以獨立研究抵認引導研究（一、二）與論文研究（一、二），實修學分與抵認課程學分間之差數，可採計為選修與畢業學分。
